Bir çalışma ziyareti vesilesiyle Dernek Başkan Yardımcısı Ahmet Kırevliyası ile birlikte 27 Ağustos 2016 tarihinde Rodos adası üzerinden Yunanistan'a giriş yapan Türkiye Cumhuriyeti hususi pasaport sahibi Kaymakçı, daha sonra gittiği İstanköy adasında 30 Ağustos 2016 akşamı Yunan polisi tarafından tutuklanarak nezarete kondu. Karakolda bir gece nezaret altında tutulan ve pasaportuna el konulan Kaymakçı, ertesi gün öğleden sonra saat 16:30'da Yunan polisinin eşliğinde bindirildiği feribotla Bodrum'a götürülerek burada Türk polisine teslim edildi. Pasaportu da kendisine değil doğrudan Türk polisine iade edildi.

27 Ağustos 2016 tarihinde Türkiye'den Rodos adasına giden Kaymakçı ve Kırevliyası, pasaport kontrolünde bir sorunla karşılaşmadan Yunanistan'a giriş yaptılar. Kaymakçı, önce Rodos'ta vefat eden bir akrabasının yakınlarına başsağlığı için evlerine taziye ziyaretinde bulundu. Daha sonra ise Kırevliyası ile birlikte çalışma ziyareti çerçevesinde yürüttükleri bir çalışma için Türk toplumu temsilcileri ile görüşmek üzere 30 Ağustos 2016 Salı günü İstanköy adasına geçti. Aynı günün akşamı bir restoranda yemek yerken yanlarına gelen Yunan polisi, Kaymakçı'nın Yunanistan'a giriş yasağının bulunduğuna dair 18 Temmuz 2016 tarihli bir karar bulunduğunu belirterek kendisini sınırdışı etmek zorunda olduklarını söyledi. Bunun üzerine Kaymakçı, kendisinin böyle bir karardan kesinlikle haberi olmadığını ve kararın kendisine bildirilmediğini belirterek Rodos adası üzerinden Yunanistan'a girişinde hiçbir sorunla karşılaşmadığını, böyle bir karar varsa örneğini yazılı olarak görmek istediğini söyledi. Buna cevaben Yunan polisi, söz konusu kararın yazılı olarak ellerinde bulunmadığını ve Atina'dan kendilerine ulaştığını belirterek Kaymakçı'yı orada tutukladı ve İstanköy'deki polis merkezine götürdü. Yunan polisi, ancak Kaymakçı'nın bu olayı ulusal ve uluslararası mahkemeler önünde dava konusu yapmayacağına dair bir belgeyi imzalaması halinde serbest kalabileceğini kendisine aktardı. 30 m²'lik alanda 21 kişinin bulunduğu çok kötü koşullara sahip nezarette bir gece tutulan Kaymakçı, hukuk dışı olan söz konusu belgeyi imzalamasının ardından 31 Ağustos 2016 tarihinde serbest bırakılarak öğleden sonra polis eşliğinde bindirildiği feribotla Türkiye'ye dönmek üzere Yunanistan'dan sınır dışı edildi. Yunan polisi, Kaymakçı'nın Rodos'ta kaldığı otele uğramasına ve özel eşyalarını almasına da izin vermedi.

Yunanistan'ın Rodos adasında 1945 yılında doğan ve ailesiyle birlikte 5 yaşında Türkiye'ye göç ederek İzmir'e yerleşen Prof. Dr. Mustafa Kaymakçı, 1996 yılında kurulan Rodos, İstanköy ve Onikiada Türkleri Kültür ve Dayanışma Derneği'nin (ROİSDER) başkanlığını yürütmektedir. Kaymakçı, ROİSDER Başkanı olarak Rodos, İstanköy ve Onikiadalar'da yaşayan Türk toplumunun Türk kültürel kimliğinin muhafazası ve asimile olmaması için çalışmalar yürütmektedir.

Konuya ilişkin olarak Avrupa Batı Trakya Türk Federasyonu (ABTTF) Başkanı Halit Habipoğlu, "Rodos, İstanköy ve Onikiada Türkleri Kültür ve Dayanışma Derneği Başkanı Prof. Dr. Kaymakçı'nın Yunanistan'dan sınır dışı edilmesi Yunan makamlarının Rodos, İstanköy ve Onikiadalar'da yaşayan Türk toplumuna yönelik doğrudan bir sindirme girişimidir. Bununla halihazırda neredeyse 70 yıldır baskı altında tutulan Türk toplumu mensuplarına gözdağı verilmek istenmektedir. Olayın en can alıcı noktası ise Kaymakçı'nın Atina'da 18 Temmuz 2016 tarihinde alınan ve kendisine tebliğ edilmeyen Yunanistan'a giriş yasağı kararı gerekçe gösterilerek tamamen hukuk dışı olan bir belgenin kendisine imzalattırılmasının ardından sınır dışı edilmesidir. Diğer ilginç bir durum da şayet giriş yasağına ilişkin böyle bir karar varsa bile Kaymakçı'nın Rodos üzerinden Yunanistan'a girişine Yunan makamlarınca izin verilmesi ve giriş tarihinden ancak üç gün sonra İstanköy adasında tutuklanmasıdır. Tüm bunlar Kaymakçı'nın sınır dışı edilmesinin art niyetli ve planlı olduğunu göstermektedir. Yaşanan bu durum, Yunanistan'ın başka bir ayıbı olarak tarihteki yerini alacaktır. ABTTF olarak ROİSDER Başkanı Kaymakçı'nın hukuk dışı bir şekilde tutuklanmasını ve sınır dışı edilmesini en sert şekilde kınıyor, kendisinin yanında olduğumuzu belirtmek istiyoruz" açıklamasında bulundu.